Ο Δαρείος άρχισε να σχεδιάζει τη κατάληψη της Ελλάδος. Το 490 π.Χ, έστειλε να θαλλάσια δύναμη υπό την ηγεσία του Δάτη και του Αρταφέρνη δια μέσου του Αιγαίου, για να καταλάβουν τις Κυκλάδες, και μετά να επιτεθούν στην Αθήνα και στην Ερέτρια. Διασχίζοντας την Εύβοια στα μέσα του καλοκαιριού, μετά την επιτυχής εκστρατεία στο Αιγαίο, οι Πέρσες πολιόρκησαν και κατέλαβαν την Ερέτρια. Τότε η περσική δύναμη έπλευσε για την Αττική, στρατοπεδεύοντας στα στενά κοντά στην πόλη του Μαραθώνα.
Οι Αθηναίοι, με λίγη βοήθεια από τους Πλαταιείς, βάδισαν στον Μαραθώνα, και κατάφεραν να κλείσουν τις δύο εξόδους από τα στενά. Χωρίς κίνηση για 5 μέρες, οι Αθηναίοι (για μη σαφείς λόγους) αποφάσισαν να επιτεθούν τους Πέρσες. Παρά την αριθμητική υπεροχή των Περσών, οι οπλίτες αποδείχθηκαν περισσότερο αποτελεσματικό κατά του ελαφρού περσικού πεζικού, διαλύοντας τις πτέρυγες πριν στραφούν στο κέντρο της περσικής γραμμής.
Η νίκη στον Μαραθώνα σήμαινε το τέλος της πρώτης περσικής εισβολής στην Ελλάδα, και την υποχώρηση των Περσών στην Ασία.